关于合同履行过程中签订的施工补充协议。 

原告提出，双方于2011年9月28日签订施工承包合同，于2012年6月20日签订施工承包合同的补充协议。但因被告于2012年9月才将本工程的建设手续办理齐全，为补办相关建设手续，被告与原告协商把双方原先签订的施工承包合同内的工程名称、工程立项批准文号、图纸编号按照正式审批确定的工程审批文件进行了相应替换，但原合同内的其他条款和签订日期都不变，故导致补充协议与施工承包合同中的工程名称不一致，但补充协议的确是双方针对施工承包合同签订的补充协议，应当作为本案工程造价鉴定的有效依据资料。 

被告提出，本案工程名称为《一期棚改安置房项目1#楼、2#楼、3#楼、4#楼、5#楼、6#楼（消防水池、水泵房）施工总承包合同》，而补充协议的工程名称为《一期棚改异地安置用房项目1#楼、2#楼、3#楼、4#楼、5#楼、商业与地下车库施工补充协议》，虽然是双方共同签订的，但因为工程名称和工程性质与本案工程不一致，故该补充协议与本案工程无关，不应当作为本案工程造价鉴定的有效依据资料。

关于原告提出因政府要求停工而产生的窝工补偿费。

原告提出，因国家纪念活动和雾霾导致的窝工补偿费，本项目在施工过程中，北京召开抗日战争及反法西斯战争胜利70周年纪念活动，市住建委要求停工16天。该通知同时规定，因停工造成工期延长的经济损失的，建设单位应当给予合理补偿并适当延长合同工期。本项目在施工中空气污染达到橙色预警或红色预警，根据市住建委和市环保局规定应停止施工，在2013年至2016年雾霾等橙色及红色预警，累计造成停工42天。 

被告提出，原告施工范围不存在政府要求的停工事项，同时原告在施工过程中从未向监理单位和被告公司上报窝工事项。